В Final Fantasy Crystal Chronicles магия используется с помощью Магицитов. Также игрок может создавать сплав нескольких магицитов, создавая при этом различные комбинации сильных заклинаний. Ниже предоставлен список всех доступных заклинаний в игре.
| Название | Описание | Магициты | Изображение |
|---|---|---|---|
| Fire | Наносит слабые повреждения огнём и поджигает ближайших врагов | Fire | 
|
| Fira | Наносит средние повреждения огнём и поджигает ближайших врагов | Fire + Fire | 
|
| Firaga | Наносит сильные повреждения огнём и поджигает ближайших врагов | Fire + Fire + Fire | 
|
| Blizzard | Наносит слабые повреждения льдом и замораживает ближайших врагов | Blizzard | 
|
| Blizzara | Наносит средние повреждения льдом и замораживает ближайших врагов | Blizzard + Blizzard | 
|
| Blizzaga | Наносит сильные повреждения льдом и замораживает ближайших врагов | Blizzard + Blizzard + Blizzard | 
|
| Thunder | Наносит слабые повреждения молнией и парализует ближайших врагов | Thunder | 
|
| Thundara | Наносит средние повреждения молнией и парализует ближайших врагов | Thunder + Thunder | 
|
| Thundaga | Наносит сильные повреждения молнией и парализует ближайших врагов | Thunder + Thunder + Thunder | 
|
| Cure | Восстанавливает небольшое количество HP | Cure | 
|
| Curaga | Восстанавливает все HP | Cure + Cure + Cure | 
|
| Clear | Излечивает от вредных статусов | Clear | 
|
| Clearaga | Излечивает всю партию от вредных статусов | Clear + Clear | 
|
| Life | Воскрешает союзников с минимальным количеством HP. | Life | 
|
| Full-Life | Воскрешает союзников с полными HP | Life + Life | 
|
| Gravity | Притягивает летающего врага к земле, тем самым делая его на время уязвимым | Fire + Blizzard, Blizzard + Thunder, or Thunder + Fire | 
|
| Gravira | Притягивает летающих врагов к земле, тем самым делая его на время уязвимым | Fire + Blizzard + Thunder | 
|
| Graviga | Притягивает летающих врагов к земле, тем самым делая его на время уязвимым | Fire + Blizzard + Thunder | 
|
| Slow | Замедляет врага, уменьшая его скорость передвижения и скорость атак | Life + Blizzard, Life + Fire, Life + Thunder | 
|
| Slowga | Замедляет врагов, уменьшая их скорость передвижения и скорость атак. Длится дольше, чем Slow | Life + Fire/Thunder/Blizzard + Fire/Thunder/Blizzard | 
|
| Haste | Ускоряет союзника, увеличивая его скорость передвижения и скорость атак | Life + Cure + Cure | 
|
| Hastega | Ускоряет союзников, увеличивая их скорость передвижения и скорость атак | Life + Cure + Cure + Cure | 
|
| Holy | Наносит врагам сильные повреждения Святостью, эффективно против невидимых врагов | Blizzard + Life, Fire + Life, Thunder + Life | 
|
| Holyra | Наносит врагам огромные повреждения Святостью, сильнее чем Holy | Blizzard + Life + Life, Fire + Life + Life, Thunder + Life + Life | 
|
| Stop | Останавливает врага на некоторое время | Life + Fire + Blizzard, Life + Blizzard + Thunder, Life + Fire + Thunder | 
|
