События Final Fantasy Type-0 разворачиваются в мире Ориенс, разделённом на четыре государства, каждое из которых владеет Кристаллом и пользуется его покровительством. Кристаллы наделяют граждан кристальных государств особыми способностями. Сюжет игры следует за Классом Ноль, секретным классом кадетов Агито из Академии, школы магии доминиона Рубрума, который находится под защитой Кристалла Красной птицы, наделяющего кадетов магическим даром. Класс Ноль отличается от остальных граждан Рубрума, поскольку его ученики способны использовать магию не полагаясь на Кристалл, благодаря чему являются козырем доминиона в войне с империей Милитес, стремящейся к мировому господству. Класс Ноль был создан верховной чародейкой Аресией Аль-Рашией, которая хочет, чтобы её кадеты стали Агито, легендарными спасителями Ориенса, чей приход был описан в древнем пророчестве.
- См. также: Рубикус/Анналы Ориенса
Сюжет[]

Империя готовится к войне.
XV Тем. 832 года RG имперский маршал Сид Олстайн свергает императора Милитеса. Десятью годами позже он мобилизует армии империи и выдвигает их одновременно к столице Лориканского альянса Бериту и доминиону Рубрума. Особое подразделение под командованием Второго л'Си Белого тигра Кун'ми Тру'е проникает непосредственно в Академию, где должно атаковать Красный перистиль.
Силы империи используют подавитель Кристалла, который позволяет нейтрализовать магические щиты легионеров и их подпитываемую Кристаллом магию. В это же время Кун'ми, управляя магитех-механоидом Дайнслейфом, оснащённым ещё одним подавителем Кристалла, направляется к самому Кристаллу Красной птицы.

Класс Ноль во время освобождения столицы.
Когда начинает казаться, что сражение проиграно, появляется Класс Ноль, кадеты которого сохранили магические способности. До последнего момента их участие держалось в секрете, но как только это стало необходимо, они получили приказ вывести из строя подавители. Центральному командованию доминиона необходимо поддерживать связь с кадетами, и одному из легионеров, Изане Кунагири поручают доставить им коммуникатор. Ему удаётся сделать это, но только ценой собственной жизни. Кадеты уничтожают подавители Кристалла, вынуждают Кун'ми отступить и освобождают таким образом Академию. Несмотря на то что доминиону удаётся отстоять столицу, остальные регионы страны оказываются захвачены империей. Становится известно, что Лориканский альянс был полностью уничтожен Ультима-бомбой.
Руководство Академии, впечатлённое боевыми навыками Класса Ноль и их способностью использовать магию без благословения Кристалла Красной птицы, официально принимает его в Академию и переводит в него ещё двух кадетов: Рем Токимия и Махину Кунагири. Верховная чародейка Аресия Аль-Рашия, приёмная мать изначальных членов Класса Ноль, наделившая их особыми умениями, относится к новым членам класса с недоверием и пренебрежением, считая их не ровней её детям. Она просит скрыть от них правду о фантоме, таинственной жизненной энергии. Только сотрудникам факультета чародейства Академии и Классу Ноль известно о ней, и кадеты собирают на поле боя фантому павших врагов.

Курасамэ Сусая.
Командование принимает решение о том, что Класс Ноль будет принимать участие в боевых действиях и операциях по освобождению захваченных империей территорий доминиона. Таким образом класс поступает в распоряжение Центрального командования. Командиром Класс Ноль назначают Курасамэ Сусаю, а Моглин становится его классным муглом и оказывает кадетам содействие во время миссий.
Кристаллы Ориенса стирают воспоминания об умерших, поэтому Махина совершенно забыл о своём брате Изане. Тем не менее он осознаёт потерю и пытается побольше узнать о его смерти, но узнаёт, что вся информация о его последнем задании засекречена. Эйс, один из кадетов Класса Ноль слышит, как его мать Аресия спорит с командующим легионеров из-за Изаны, которого отправили на встречу с Классом Ноль без одобрения командира, из-за того, что Эйс якобы просил об этом. Эйс также забыл об Изане, и новая информация крайне удивляет его. Он не решается рассказать Махине правду. Позже Эйс узнаёт, что подружился с Изаной, потому что они оба любили чокобо, и что он действительно попросил Изану помочь ему во время своего первого задания.

Столкновение Чжую и Нимбуса.
Доминион возвращает свои территории город за городом. Всё это время королевство Конкордия, государство Кристалла Лазурного дракона оказывает ему поддержку. Во время сражения за Тогорет империя прибегает к помощи Первого л'Си Белого тигра Нимбуса, и в ответ на это Кристалл Красной птицы отправляет в бой собственного Первого л'Си, лорда Чжую. Чжую спрашивает Нимбуса, действительно ли его действия соответствуют Фокусу, возложенному на него Кристаллом Белого тигра, однако Нимбус отказывается отвечать, и они скрещивают клинки. Сражение двух л'Си до основания разрушает Тогорет.
На самом деле империя полностью подчинила себе Кристалл Белого тигра при помощи механизма, разработанного Сидом Олстайном, и таким образом поработила его л'Си, которые теперь не могут ослушаться приказов Сида. Теперь империя стремится захватить остальные Кристаллы Ориенса. Она уже извлекла Кристалл Чёрной черепахи из-под развалин Лорики. Сид заявляет, что жизнь под "предводительством" Кристаллов — не более, чем рабство, и желает, чтобы всё население Милитеса стало Агито и повело Ориенс в новую эру. Однако жители остальных государств считают его заявления простой пропагандой.

Рем говорит с Аресией о своей болезни.
Рем страдает от неизлечимой болезни, которая в конце концов убьёт её. Она скрывает своё состояние от остальных, в особенности от своего друга детства Махины, и желает сражаться до самого конца. Она приходит к доктору Аресии за лекарством, но та говорит ей, что её время истекает. Махина чувствует, что с Рем что-то происходит, но когда он спрашивает её об этом, она говорит, что всё в порядке, что только сильнее беспокоит его.
Доминион добывает информацию о новом имперском магитех-механоиде (МТ-М), и Класс Ноль получает приказ уничтожить его. Кадеты проникают в магитех-комплекс, где находится Брионак, прототип МТ-М, разработанный для переноса Ультима-бомбы на большие расстояния. Для противодействия Классу Ноль Милитес отправляет Нимбуса. Кадеты оказываются в невыгодном положении, но внезапно л'Си прекращает атаку. Королева Конкордии Андория призывает к соблюдению соглашения "Фабула", древнего мирного договора между перистилями государств, а не их правительствами. Как только соглашение вступает в силу, л'Си Красной птицы Чжую и Сэцуна замечают перемены в их Кристалле. Когда Сид ощущает, что Кристалл Белого тигра пытается сопротивляться ему, он замечает, что действия королевы были "изящным ходом".

Кадеты Класса Ноль кланяются королеве.
Лидеры кристальных государств — Сид Олстайн от империи Милитес, канцлер Калия Шивал VI от доминиона Рубрума, королева Андория от королевства Конкордия — встречаются в Инграме, столице Милитеса, для проведения мирных переговоров. Класс Ноль размещается в номере отеля "Армада", где их посещает королева. Кадеты осуждают перемирие и заявляют, что империя не имеет права просить о мире, поскольку именно она была агрессором. Королева говорит, что мир — это Воля Кристаллов, и что его нарушение приведёт к Концу Времён, катастрофе, описанной в легендах. Кадеты не могут смириться с тем, что то, за что они сражались, противоречит Воле Кристаллов.
Командующий легионеров, сопровождающий канцлера в Инграме, рассказывает Махине правду о смерти Изаны, надеясь настроить его против остальных кадетов Класса Ноль. Он заявляет, что ученики и Аресия изменили приказы Изаны, из-за чего он погиб. Командующий завидует привилегированному положению Аресии в Академии и правительстве доминиона, Консорциуме Восьми. Он также недоволен тем, что её ученики затмили на поле боя его легионеров. Ведомый своим недоверием к Аресии и ничего не зная о её планах, комендант требует, чтобы Махина начал шпионить за Классом Ноль, и вынуждает его подчиниться, угрожая, что иначе заставит сделать это Рем.

Кадеты сталкиваются с Селестией.
Солдаты Милитеса нападают на Класс Ноль в его номере в отеле, в результате чего связной класса, Ария Лурикара, получает ранение. Спасаясь из Инграма, кадеты узнают, что королева была убита, а их признали виновными в случившемся. Они не могут связаться с Центральным командованием и оказываются вынуждены самостоятельными выбираться с вражеской территории. Кадеты сталкиваются со стражем Акатоки Селестией, разгневанной тем, что не смогла защитить свою королеву. Дьюс убеждает её в невиновности Класса Ноль, и Селестия помогает им добраться до заброшенного дома в регионе Старая Лорика.
Махина обвиняет своих одноклассников в смерти Изаны, но они говорят ему, что ему следует оставить прошлое в прошлом, поскольку у них есть более серьёзные проблемы: у них всё ещё нет связи с Центральным командованием, и кажется, что их покинули намеренно. Рем пытается успокоить Махину, говоря, что даже Класс Ноль не может спасти всех и каждого, но разозлённый Махина уходит патрулировать окрестности в одиночку. Он клянётся превзойти Класс Ноль и защитить Рем. Он проводит всю ночь в лесу и возвращается только утром. Включается коммуникатор, и Курасамэ сообщает, что выслал за кадетами воздушный корабль.

Консорциум Восьми.
После убийства королевы канцлер и его приближённые благополучно возвращаются в Рубрум, однако перемирие заканчивается и боевые действия сразу возобновляются. Преемник Андории, король Конкордии, заключает союз с империей и выступает против Рубрума. Кристалл Лазурного дракона попадает в руки империи, и теперь только Кристалл Красной птицы остаётся независимым. Канцлер сообщает остальным членам консорциума о том, что в случае вторжения объединённых сил Милитеса и Конкордии на территорию Рубрума Второй л'Си Красной птицы Сэцуна собирается призвать Запретного Эйдолона. Это шокирует собравшихся, поскольку обычно Кристаллы — и их л'Си — не вмешиваются в дела смертных.
По возвращении в Академию Класс Ноль сталкивается со всеобщей враждебностью, ведь консорциум так и не заявил об их невиновности. Три члена консорциума — комендант, старший кадет и ректор — организуют заговор с целью дискредитировать Аресию и уменьшить её влияние на доминион. Комендант пользуется представившейся ему возможностью и собирается отправить Класс Ноль и его командира Курасамэ на передовую, надеясь таким образом избавиться от них. Старший кадет и ректор требуют от Махины передать им информацию о его одноклассниках, но после миссии по освобождению Эйбона он пропадает.

Кадеты сражаются с Шинрю Селестией.
Ради противостояния превосходящим объединённым силам Милитеса и Конкордии доминион разделяет свои армии на две части, каждую из которых усиливает л'Си Красной птицы. л'Си практически никогда не принимают участие в боевых действиях, и присутствие на поле боя сразу двух л'Си Красной птицы многие считают признаком отчаянного положения Рубрума. Сражение с силами Конкордии происходит у Джудекки, где лорд Чжую сталкивается с Первым л'Си Лазурного дракона Сорю. Когда начинает казаться, что доминион одерживает победу, новый Второй л'Си Лазурного дракона Селестия — в облике Шинрю Селестии — вступает в бой с Классом Ноль, однако призванный Аресией Бахамут НОЛЬ вынуждает её отступить.
В это же время на Большом мосту силы доминиона пытаются сдержать постоянно наступающие армии Милитеса, оснащённые новейшим подавителем Кристалла, для работы которого не требуется присутствие л'Си. Как только Класс Ноль, прибывший для усиления легионов Рубрума, уничтожает подавитель, леди Сэцуна призывает Запретного Эйдолона Александра. Отступая, Класс Ноль сталкивается с Гильгамешем Асуром, бывшим королём Лорики, л'Си Чёрной черепахи, пережившим взрыв Ультима-бомбы. Он страдает от потери памяти и, кажется, забыл, в чём состоит его Фокус. Он нападает на кадетов, но вскоре отступает.

Сэцуна призывает Александра.
Силы Рубрума отступают, когда Александр уничтожает армии Милитеса, обеспечивая победу доминиону. Однако цена оказывается очень высока: Курасамэ и множество кадетов отдали свои жизни ради завершения призыва, а Сэцуна погрузилась в кристальный стазис. Единственными выжившими имперцами оказываются генерал Катор Баштар и новый Второй л'Си Белого тигра, которой усилил щиты механоида Катора, что и позволило им обоим уцелеть во время атаки Александра.
Класс Ноль возвращается в Академию и посещает кладбище, на котором появилось множество новых могил. Но кадеты не могут вспомнить людей, для которых они были подготовлены, даже Курасамэ. Возвращается Махина. Его одноклассники испытывают по отношению к нему смешанные чувства, а Рем шокируют изменения в его поведении. Из-за особой природы Класса Ноль ему не назначают нового командира, и на брифингах и лекциях его роль берёт на себя Моглин.
Доминион вторгается в королевство Конкордию, и Класс Ноль играет важнейшую роль в большинстве побед Рубрума. Репутация класса восстановлена, и остальные кадеты Академии вновь начинают превозносить его учеников как героев, что крайне огорчает коменданта. После капитуляции Конкордии только Милитес стоит на пути Рубрума к объединению всего Ориенса под знамёнами Красной птицы. Накануне финального сражения Рем говорит с Махиной, и тот спрашивает, почему она присоединилась к Классу Ноль. Рем говорит, что хочет стать Агито, легендарным спасителем Ориенса, и Махина намекает ей, что получил силу, которую искал. Когда класс отправляется в Инграм, Махина вновь исчезает.

Ультима-бомба взрывается в атмосфере.
Последнее сражение происходит в столице Милитеса. Там Класс Ноль сталкивается с Катором Баштаром и его новым улучшенным МТ-М "Габриэлем". Выясняется, что один из имперских инженеров, считая поражение Милитеса неизбежным и желая одним ударом уничтожить обе армии, в тайне от Баштара оснастил "Габриэля" неисправным прототипом Ультима-бомбы. Не желая разрушения Инграма, Катор поднимает механоида в верхние слои атмосферы, где и сбрасывает бомбу. Взрыв происходит на большой высоте, что спасает город, однако сам Катор погибает. Сид Олстайн видит вспышку в небе и понимает, что Баштар мёртв. Он покидает столицу, и Белый перистиль оказывается в руках доминиона.
Легионеры Рубрума празднуют победу, но как только весь Ориенс оказывается под властью Красной птицы, начинается Конец Времён: небо становится красным, воды океана — чёрными, а из их глубин поднимается святилище, из которого выходят магитех-творения, известные как Рурсанские разорители, убивающие всех на своём пути. Люди пытаются сопротивляться, но безуспешно — уничтоженные разорители вскоре возрождаются. Поскольку Рурсусанцы повреждают фантому, раненных ими невозможно исцелить магией. Окончательно избавиться от разорителей можно только одним способом: собрать их фантому, но делать это умеют только кадеты Класса Ноль. Даже лорд Чжую погибает от рук Рурсуса.

Рурсанцы осаждают Академию.
Класс Ноль возвращается в Академию и находит её под атакой рурсанцев. Выжившие обвиняют в произошедшем кадетов класса, считая, что миссии Алого кода, которые они выполняли, и привели к концу света. Рем, которая долгое время скрывала ото всех смертельную болезнь, теряет сознание. Аресия забирает её в свой кабинет, но её уровень фантомы остаётся опасно низким. Центральное командование и консорциум исчезли, и некому больше руководить кадетами. Аресия в последний раз встречается со своими детьми и объясняет, что они прожили свои жизни согласно Воле Кристаллов, и что только у них есть силы принять последнее решение и написать последнюю страницу истории. Кадеты остаются гадать, что она имела в виду.
В кругу изначальных двенадцати членов Класса Ноль Куин рассуждает о том, что им делать дальше. Она цитирует легенду об Агито и Конце Времён и говорит, что Сид Олстайн отправился в Пандемониум — святилище, поднявшееся из глубин океана неподалёку от Академии. Святилище, где находится Судия, который должен принять Последнее решение о судьбе Ориенса: если в мире не будет Агито, он будет уничтожен. Кадеты решают добраться туда и поговорить с Судиёй, хотя они и понимают, что Аресия не сможет воскресить их в случае гибели.
Согласно легенде, только избранники Кристаллов, такие как л'Си, могут попасть в Пандемониум, Судные земли. Поскольку у Кристалла Красной птицы не осталось л'Си, кадетам помогает Селестия. Этим она отвергает Волю Кристалла Лазурного дракона, который желает, чтобы она стала Агито, и превращается в виверна-Си'т.

Пандемониум, Судные земли.
Пандемониум — сверхъестественное святилище, где Кристалл Красной птицы бессилен, но поскольку кадеты черпают магические силы из фантомы, они по-прежнему могут использовать магию. В огненном сердце Пандемониума находится символ врат Этро, которые, как считается, ведут в незримый мир, землю мёртвых, попасть куда могут только души умерших. Кадеты следуют за голосом Сида и проходят через множество подготовленных им испытаний, чтобы доказать, что они достойны стать Агито.
Кристалл Красной птицы взывает к Классу Ноль в поисках нового л'Си, и кадеты могут решать, стать ли л'Си или же остаться смертными. Если кадеты решают стать л'Си, им не удаётся спасти Ориенс. Они погибают, Аресия считает, что ещё один эксперимент закончился неудачей, перезапускает спираль, и Ориенс, а в конечном итоге и Класс Ноль возрождаются в ожидании очередного Конца Времён.

Рем в качестве л'Си.
Если кадеты Класс Ноль не прислушиваются к зову Кристалла, его избранницей становится Рем, которая всё ещё находится в кабинете Аресии. Красная птица, которая желает, чтобы её служитель сталь Агито, отправляет Рем в Пандемониум с приказом перехватить л'Си Белого тигра. Рем вступает с ним в бой, и он пронзает её рапирой. Оказывается, что л'Си Белого тигра был Махина, добровольно принявший Фокус Кун'ми, которую нашёл в лесу Старой Лорики, чтобы стать достаточно сильным, чтобы защитить Рем. Рем умирает у него на руках, радуясь, что смогла вновь увидеть его. Она просит Махину не забывать её, и оба погружаются в кристальный стазис.
Несмотря на все свои усилия, Классу Ноль не удаётся пройти последнее испытание, и Сид считает, что они недостойны стать Агито. Даже потерпев поражение, кадеты не сдаются и двигаются дальше. По пути они находят кристалл Рем и Махины и оплакивают своих товарищей. На вершине Пандемониума они проходят сквозь образ врат Этро и попадают в некую пустоту, где лицом к лицу встречаются с Сидом, который стал Рурсанским Арбитром, Судиёй, в чьих руках находится решение о судьбе Ориенса.

Судия Сид.
Конец Времён начинается, когда весь Ориенс оказывается во власти одного Кристалла. Тогда таинственный Кристалл Рурсуса, отличающийся от остальных четырёх Кристаллов Ориенса, призывает Пандемониум и приказывает рурсанцам убивать жителей мира, пытаясь создать поток душ, достаточно мощный, чтобы открыть врата Этро, которые смогут увидеть даже те, кто связан с миром живых. Гала, подобное божеству существо, создатель Кристалла Рурсуса, избирает одного человека своим л'Си и Судиёй. Несмотря на то что Сиду ненавистна мысль о потере человечности по воле Кристалла, Рурсус подчиняет его, и он с ужасом осознаёт, что уже не властен над собой.
Из последних сил Класс Ноль добирается до Сида, и тот заявляет, что они недостойны быть Агито. Последние л'Си Ориенса стали Си'т или погрузились в кристальный стазис, и более некому претендовать на честь стать Агито, и Судия готовится уничтожить мир. Сид превращается в Рурсанского Арбитра и бросает кадетам вызов. Даже понимая, что у них нет шансов, кадеты вступают в бой и терпят поражение.
Вознёсшиеся Рем и Махина направляют свои души к погибшим кадетам Класса Ноль. Те возрождаются, побеждают Рурсанского Арбитра и собирают его фантому. Каждый раз, когда кадет собирает частицу фантомы, он погибает, но кристалл Рем и Махины воскрешает очередного одноклассника, и тот вступает в бой. В конечном итоге Арбитр распадается на фантому. Кадетам удаётся предотвратить Конец Времён, и они переносятся в их аудиторию в Академии.

Место упокоения Класса Ноль.
Изнурённые последним боем, кадеты умирают. Поначалу они впадают в отчаяние, но Эйсу удаётся утешить товарищей песней, которую Аресия пела ему в детстве. Последние минуты своей жизни товарищи проводят в обсуждении того, что они хотели бы сделать в мире без войны.
Аресию удивляют результаты последнего сражения и то, что на этом витке спирали кадеты решили не становится л'Си. На самом деле Аресия — фал'Си Пульса, богоподобного существа, противостоящего Гале, фал'Си Линдзея. Оба пытаются отыскать врата Этро, а Ориенс является их экспериментом, в рамках которого Кристаллы, созданные Аресией, пытаются вырастить и закалить души, достойные открыть врата. Аресия считает, что Агито можно получить сочетанием самых человечных черт. В "Безымянном томе", древнем собрании легенд Ориенса, говорится о "шестнадцати", необходимых для получения Агито. Гала же пытается создать поток душ, который насильно откроет врата.
Если оба фал'Си терпят неудачу, Ориенс разрушается, а спираль перезапускается. Таким образом история мира повторяется раз за разом с некоторыми изменениями, пока на 600.104.972-ом витке двенадцать членов Класса Ноль не решают отказаться от судьбы л'Си, и не побеждают Рурсанского Арбитра, оставаясь смертными. Это разрушает цикл. Двое членов "шестнадцати", — Тиз and Джокер, "отвергнутые" на предыдущих витках и выступающие теперь в качестве наблюдателей Аресии, убеждают её прислушаться к душам её кадетов.

Аресия перед кристаллом Рем и Махины.
Аресия узнаёт, что кадеты любят её, но они сами приняли решение о том, каким будет их конец, и не желают воскрешения в новом цикле. Аресия решает подарить своим детям покой. Она подходит к кристаллу Рем и Махины и просит рассказать ей об их одноклассниках и пообещать, что они вечно будут помнить их. Освободив пару из кристального стазиса, Аресия отказывается от поисков врат Этро и покидает Ориенс. Свет Кристаллов меркнет, и к людям возвращается способность помнить умерших.
Махина и Рем возвращаются в Академию, где находят остальных членов Класса Ноль мёртвыми у знамени, составленного из их плащей. Поначалу они впадают в отчаяние, впервые осознавая гибель близких, но они понимают, что им нужно смотреть в будущее. В Ориенсе начинается новая эра, но человечеству нужно учиться жить без благословения Кристаллов. Махина женится на Рем, и оба играют большую роль в возрождении мира. Они чтят подвиг своих товарищей, сохраняя их имена для истории и записывая их в хроники. Махина умирает в возрасте шестидесяти семи лет на руках своей супруги.

"Возрождение из пепла".
В альтернативном финале Аресия убирает Кристаллы из истории Ориенса, предотвращая войну и гибель Класса Ноль. В секретной концовке силы феникса возрождают Эйса в отдалённом храме среди заснеженных земель. Он поднимается, облачённый в самурайские доспехи, сжимает в руке огненное перо и говорит: "Мы здесь".