Ausgehend von der Oberflächenwelt in Final Fantasy III kann mit Hilfe der Nautilus auch die Welt unter dem Meeresspiegel erkundet werden.
Unter Wasser finden sich folgende Orte:
- Katakomben von Saronia – Einst gab es einen Durchgang vom Meeresboden in den Keller von Schloss Saronia. Nun können nur noch die Katakomben mit der Nautilus erreicht werden. Doch auch diese führen letztlich in einen abgeschotteten Raum im Schloss. Hier hat Odin seine Kräfte in einem selbst auferlegten Schlaf versiegelt.
- Versunkene Höhle – Die Höhle befindet sich im Südosten der Oberflächenwelt, an der Ostseite der kleinen dreieckigen Insel. Hier können verschiedenste Monster und Truhen gefunden werden.
- Tempel der Zeit – Der Tempel befindet sich am südlichsten Zipfel des westlichen Kontinentes. Es finden sich reichlich verschlossene Türen, die von einem Dieb oder mit einem Zauberschlüssel geöffnet werden können. Hier befindet sich auch Noahs Laute, welche benötigt wird, um Unei aus ihrem Schlaf zu erwecken.
- ??? (nur Remake) – Dieser versteckte Dungeon befindet sich östlich des Schwebenden Kontinents. Um ihn betreten zu können, müssen verschiedene Nebenaufgaben erledigt werden. Es ist das Versteck des stärksten Gegners des Spiels, dem Eisengigant.