Als Projekt S wird das Projekt zur Erschaffung Sephiroths bezeichnet. Das „S“ steht augenscheinlich für Sephiroth. Das Projekt S entstand aus dem Wetteifer zwischen Professor Hojo und seinem Rivalen Hollander, da nur einem von ihnen eine höher gestellte Position bei Shin-Ra frei war und sie den jeweils anderen mit ihrer Forschung der Jenova-Zellen ausstechen wollten. Professor Hojo, der zusammen mit Lucretia Crescent in der Shinra Villa arbeitete, begann eine Affäre mit ihr. Doch nur zu dem Zweck ihr ungeborenes Kind als Versuchsobjekt zu nutzen.
Im Gegensatz zum Projekt G (in welchem den Müttern Jenova-Zellen verabreicht wurden) injizierte er dem Fötus während einer Operation Jenova-Zellen, um ihm die Mächte des alten Volkes zu übertragen. So wurde Sephiroth erschaffen.