Der Begriff Magi bezeichnet eine besondere Sorte von Menschen in Final Fantasy VI, welche 1000 Jahre vor Beginn des Spiels in der Lage waren zu zaubern und Magie zu verwenden. Zu dieser Gabe kamen sie, indem es ihnen gelang Esper zu fangen, ihre Kräfte zu extrahieren und auf sich selbst zu übertragen. Dies geschah zu Zeiten des Magi-Krieges, bei dem sich die drei Gottheiten des Kriegstriumvirats gegenseitig auszustechen versuchten, indem sie Esper und Magi für sich kämpfen ließen. Als sie ihre Greueltaten einsahen und zur Vernunft kamen, verwandelten sie sich selbst in Stein, damit sie der Welt nie mehr ein solches Leid zufügen könnten. Der Krieg unter den Menschen, Espern und Magi trug sich aber weiter fort und sorgte für den noch heute spürbaren Hass zwischen den Rassen.
Die Esper flohen in das heutige Esperreich im Osten des südlichen Kontinents und versiegelten den Zugang dorthin, auf dass kein Mensch jemals ihr Reich betreten könne. Die Magi unterdessen ließen sich weit abseits der Zivilisation nieder und gründeten Thamasa, wo sie ein friedliches Leben zu führen suchten und ihre Herkunft seitdem aus Angst vor den Reaktionen der Menschen strengstens verbergen. Die Kräfte der Magi schwanden über die vielen Jahre und Generationen dahin, doch noch immer ist es den Einwohnern Thamasas möglich Magie zu verwenden. Dieses Geheimnis versucht auch Strago Magus zu verbergen, als ihn die Rückkehrer darauf ansprechen, doch nachdem sich dessen Enkelin Relm in einem brennenden Haus verliert, versuchen alle Einwohner gemeinsam, das Haus mit Magie zu löschen, womit sie ihre Tarnung aufgeben.
Ironischerweise versucht Imperator Gestahl ebenjene Kräfte der Magi zu reproduzieren, indem er die gleichen Mittel verwendet, die zum Magi-Krieg führten. Auch er will eine Armee von Supersoldaten kreieren, denen er die extrahierten Kräfte der Esper einflößt, um somit eine Art Neo-Magi zu erschaffen. Die Technologie dazu nennt sich Magitek.