Crystal Shards (zu deutsch Kristallsplitter) sind verschiedenfarbige Items, die in Theatrhythm Final Fantasy auftauchen. Mit ihrer Hilfe können neue Charaktere freigeschalten werden. Der Spieler muss dazu jeweils acht Kristallsplitter derselben Farbe zusammentragen. Anschließend wird der jeweilige Charakter freigeschalten und kann im Music Play-Modus ausgewählt werden. Die Kristallsplitter können auf zwei unterschiedliche Arten erlangt werden. Zum einen wird ein bestimmter Kristallsplitter freigeschaltet, wenn man eine bestimmte Anzahl an Rhythmia (rm) gesammelt hat. Zum anderen können die Bossgegner in den Battle Music Stages der Dark Notes, die im Chaos Shrine ausgewählt werden können, verschiedene Kristallsplitter hinterlassen, wenn sie besiegt werden. Einige der Splitter können nur durch Dark Notes erhalten werden. Allerdings ist zu beachten, dass einige Kristallsplitter nur bei gewissen Dark Notes auftauchen. Nachfolgende Auflistung zeigt, welcher Charakter mit der jeweiligen Farbe der Kristallsplitter freigeschalten wird und wie der Kristallsplitter erhalten werden kann.
| Charakter | Farbe d. Kristalls | Erhalt im Chaos Shrine | Erhalt durch Rhythmia |
|---|---|---|---|
| Prinzessin Sela | Golden | Dark Note 26-99 | 86.500rm, 99.000rm |
| Min'U | Silver | Dark Note 01-75 | 12.500rm, 37.000rm, 78.500rm |
| Cid Haze | Yellow | Dark Note 01-25 | 1.500rm, 5.000rm, 8.000rm, 21.000rm 36.000rm |
| Rydia | Green | Dark Note 01-75 | 27.000rm, 43.500rm, 55.500rm |
| Kain Highwind | Navy | Dark Note 51-99 | - |
| Faris Scherwiz | Crimson | Dark Note 01-75 | 16.000rm, 41.000rm, 91.000rm |
| Lock Cole | Indigo | Dark Note 01-25 | 22.500rm, 42.000rm |
| Aerith Gainsborough | Red | Dark Note 01-75 | 53.000rm, 59.000rm |
| Sephiroth | Black | Dark Note 51-99 | - |
| Cifer Almasy | Gray | Dark Note 26-99 | - |
| Vivi Orunitia | Orange | Dark Note 01-25 | 3.500rm, 6.500rm, 9.500rm, 25.500rm, 29.500rm |
| Yuna | Turquoise | Dark Note 01-75 | 14.000rm, 74.500rm |
| Prishe | Purple | Dark Note 26-99 | 80.500rm, 92.500rm |
| Ashe | Scarlet | Dark Note 01-25 | 2.500rm, 5.500rm 8.500rm 33.000rm |
| Snow Villiers | White | Dark Note 26-99 | 81.500rm |
| Cosmos | Rainbow | Dark Note 26-99 | 39.000rm, 89.000rm |